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故事不同，版本不同。
1、故事不同。《高达Seed》动画作品的故事线较单一，《高达SeedDestiny》是由两线交叉叙事。
2、版本不同。高达SEED是第一部，destiny是续集，简称第二部，是重制版的意思。
没有真正的剧场版，虚空的战场之类的只是TV的浓缩，卖DVD和在**院放放炒冷饭，没有新剧情
seed系列除了两部TV之外还有以下动画作品：
《高达SEED C.E.73 STARGAZER(观星者)》，三集的OVA，发生在和seed-d同步的时间不同的地点，并不是什么第三部或剧场版。
外传《高达SEED ASTRAY》出过两集的ova，但这个只是当年PG版红色异端模型发售时的店头宣传动画，只有两集不会再出。
还有几个总集篇，只是TV剧情的浓缩，以DVD的形式发售，个别情节，对白有改变。
《机动战士高达SEED》总集篇1 虚空的战场
《机动战士高达SEED》总集篇2 遥远的拂晓
《机动战士高达SEED》总集篇3 鸣动的宇宙
《机动战士高达SEED》五分钟结局 TV剧情补完
《机动战士高达SEED》卡嘉丽的回忆
《机动战士高达SEED》MS完全档案
《机动战士高达seed－d》特别篇 被选择的未来 TV剧情补完，鸡狼小鸟在慰灵杯前碰面
《机动战士高达seed－d》总集篇 破碎的世界
《机动战士高达seed－d》总集篇 诸君之剑
《机动战士高达seed－d》总集篇 命运的业火
《机动战士高达seed－d》总集篇 自由的代价
《seed种剧场》，一共四集Q版搞笑动画
应该分为三股势力
地球联邦，扎夫特的议长狄兰达尔，还有拉克丝一方
其中拉克丝在destiny中，一开始是和基拉一起离开了扎夫特，在地球上生活
而飞鸟则是属于议长狄兰达尔一方的，两方目的不同，所以是敌人
大结局时，地球联邦主要势力都被扎夫特一方给毁灭了，接着扎夫特的狄兰达尔一方被奥布和拉克丝击败，最后拉克丝回到扎夫特，担任议长，基拉也和她在一起
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